如何在线查询农村自建房的地契？

可以查到记录。而且途径很多,比如从地税局可以查到你的房产契税记录,从银行可以查到你的房贷记录,从地方房屋与建设委员会可以查到你的房屋登记记录,从房产局可以查到你的房地产产权登记记录(产权证),如果是一手房还能在开发商那里查询到原业主资料,二手房的话可以送物业或者中介经纪公司那里查到交易记录等等。如果不想让别人知道,那还真不太好办。除非不要让对方意识到,可以通过这些途径去查询。
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到当地国土局或国土所查询！
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去土地管理部门办理